I ett hemligt rum i en fattigstuga i Huddinge gömmer sig de två barnen Nils och Emma Charlotta när verkligheten blir outhärdlig. Tiden är slutet av 1800 talet, barnens far har försvunnit och modern hotar att släppa taget. Nils gifter sig så småningom med 'tattarkvinnan' Magda och blir gårdfarihandlare och småkriminell med flera fängelsevistelser som följd. Nils och Magdas liv är fattigt och eländigt men i det mörka och sorgliga lyser dock, försonande och starkt, den stora kärlek de hyser för varandra. Rummet under golvet är den tredje och avslutande delen i den trilogi med namnet De utsatta som inleddes med Huset vid Flon och Sjön utan namn. Nu skildrar Kjell Johansson den mörka förhistorien. Det är en berättelse som direkt placerar in sig bland den svenska realismens mästerverk.