Det nordiska polissamarbetet Akademin samlas igen för ett nytt uppdrag, denna gång i Köpenhamn. Hampus Cedergren erbjuds att delta men återföreningen med Nadia Elmkvist är inte det enda som får honom att tveka att åka. Teamet ska profilera gärningsmannen i ett fall med ett försvunnet spädbarn, och minnena efter Hampus försvunna flickvän Elin kommer inte att vara lättare att hantera eftersom de båda fallen visar sig ha kopplingar till varandra.
Även Nadia blir personligen drabbad av fallet och när Hampus pressar henne att förhöra pojkens mor, fattar hon ett beslut som får katastrofala konsekvenser.
“Pojken som försvann” är den andra säsongen i serien om Akademin.